El Consejo Científico (CC), es un órgano asesor de la Dirección del Hospital para las Investigaciones Científicas. Está integrado por un colectivo de científicos, subordinados directamente a la Dirección General, que analiza y evalúa la política científica de la Institución, analiza temas de interés para el desarrollo científico y tecnológico del hospital y elabora recomendaciones para su aplicación en el Sistema Nacional De Salud.